Spécialiste de la mystique musulmane, Paul Nwyia consacre ses premiers travaux au soufi andalou-marocain Ibn 'Abbâd de Ronda (m. 1390), ce qui l'amène à entreprendre l’édition et la traduction des Sentences (Hikam) d’Ibn 'Atâ' Allâh al-Iskandarî (m. 1309), commentées par Ibn 'Abbâd, et à étudier l'école shâdhilite à laquelle se rattachent les deux shaykhs.

La traduction et le commentaire des Hikam le conduisent à leur tour à s'interroger sur l'origine et l'évolution du lexique technique des soufis. Il reprend donc la question déjà étudiée par Massignon (1922), mais en s’appuyant sur des sources méconnues et en partie inédites des IIème et IVème siècles de l'hégire (œuvres de Shaqîq al-Balkhî, d’Abû Sa‘îd al-Kharrâz, d’Abû’l-Hasan al-Nûrî et de Niffarî, entre autres), qu’il s’emploie parallèlement à traduire et publier en édition critique dans la collection « Recherches » et sous forme d’articles dans les Mélanges de l’Université Saint-Joseph (Beyrouth). Le travail de Paul Nwyia met en évidence le passage en deux siècles d'une exégèse introspective du Coran à une herméneutique de l'expérience spirituelle créant son propre langage. Il complète l’enquête de Massignon dont il confirme l’intuition décisive (l’origine coranique du langage mystique) tout en réévaluant le rôle historique de Hallâj, parfois exagéré par son prédécesseur.

Élu à la Vème Section de l’EPHE sur la chaire de mystique musulmane, c’est d’abord à Louis Massignon, initiateur de la discipline, que Paul Nwyia consacre ses premières conférences. Les années suivantes, il aborde le thème des « figures bibliques » dans la lecture mystique du Coran, en commençant après une approche introductive (‘Alâ' al-Dawla Simnânî, Abû'l-Hasan Alî al-Harrâlî) par la figure d’Adam. L’autre moitié de son enseignement est réservée à la traduction des Mawâqif de Niffarî et de leur commentaire par le mystique akbarien Tilimsânî (m. 1291). Paul Nwyia ambitionnait de publier la traduction intégrale de cette œuvre. Disparu prématurément le 5 février 1980, il ne put mener ce projet à son terme.